S ciljem što učinkovitijeg upravljanja, projekt HR-ZOO podijeljen je u šest grupa projektnih aktivnosti (PA):
Upravljanje projektom obuhvaća koordinaciju svih projektnih aktivnosti i rada projektnih timova, a za uspješnu provedbu projekta uspostavljena je upravljačka struktura projekta.
Projektno vijeće (PMT) je tijelo odgovorno za pravovremenu i cjelovitu provedbu svih projektnih aktivnosti u skladu s planom provedbe uz praćenje usklađenosti izvršavanja projektnih aktivnosti s Ugovorom o dodjeli bespovratnih sredstava. Projektni ured pruža podršku Projektnom vijeću kroz administrativno i financijsko praćenje te izvješćivanje o provedbi projektnih aktivnosti, a u svrhu učinkovitog:
S obzirom na prirodu projekta Srce je nositelj svih aktivnosti i u potpunosti odgovorno za provedbu projekta. Sastav Projektnog vijeća čine voditelji projektnih aktivnosti s višegodišnjim iskustvom u projektiranju, izgradnji i održavanju svih komponenti e-infrastruktura.
Vijeće partnera je tijelo koje daje smjernice i preporuke za upravljanje Projektom, a sastoji se od čelnika ili ovlaštenih predstavnika svih partnerskih ustanova uključenih u provedbu projekta.