Održani Razgovori u Srcu na temu naprednog računanja i računalne kemije

27. 5. 2024.

U uvodnom dijelu događanja sudionicima je predstavljena podrška koju Srce pruža unutar usluge Napredno računanje u okviru koje se primjenjuju najmodernije računalne tehnologije u rješavanju resursno zahtjevnih izazova s kojima se susreću istraživači u svim znanstvenim područjima od strojnog učenja, bioinformatike, računalne kemije pa do klimatologije, seizmologije i mnogih drugih. Podrška koju Srce pruža sastoji se od usmjeravanja korisnika na najprikladniji resurs za istraživanje koje pojedini korisnik provodi, prilagođavanja radne okoline, uspostave novih aplikacija i ažuriranja starih aplikacija te pomoći pri izvođenju aplikacija na resursima Srca za napredno računanje.

Okupljeni sudionici najviše interesa pokazali su za informacije o uspostavljenim aplikacijama na resursima Srca, posebice onima za područje računalne kemije i fizike čvrstog stanja, od kojih su istaknute aplikacije Amber, Gaussian, Q-Chem, TeraChem i TURBOMOLE. 

Aplikacija Gaussian jedna je od onih koje znanstvenici iz područja računalne kemije redovito koriste u svom svakodnevnom radu te su s velikim interesom pratili nove mogućnosti dostupne posljednjim ažuriranjem aplikacije Gaussian koje je predstavio dr. sc. Darko Babić sa Zavoda za fizičku kemiju Instituta Ruđer Bošković. U svom izlaganju pod nazivom „Gaussian 16 s grafičkim procesorima“ dr. sc. Babić objasnio je kako jednostavno koristiti ovu aplikaciju na resursima Srca koja sa zadnjim ažuriranjem postiže značajna ubrzanja.

Izlaganjem „Predstavljanje platforme BioExcel računalnoj zajednici“ izv. prof. dr. sc. Gordan Horvat sa Zavoda za fizikalnu kemiju Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu detaljno je upoznao sudionike s platformom BioExcel koja pomaže istraživačima koji se bave molekulskom dinamikom. Izv. prof. dr. sc. Horvat jedan je od nekolicine ambasadora BioExcel Centra izvrsnosti, čiji je cilj širenje informacija o aplikacijama dostupnima putem platforme BioExcel te mogućnostima koje one pružaju za potrebe računalnog modeliranja. Najčešće korištene aplikacije na platformi BioExcel su GROMACS, HADDOCK, PMX i BioBB.

O primjeni suvremenih metoda naprednog računanja u farmaceutici i tome kako strojno učenje ubrzava proces razvoja lijekova i brojnim znanstvenim radovima u kojima je sudjelovao na tu temu govorio je prof. dr. sc. Tomica Hrenar sa Zavoda za fizikalnu kemiju Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu u izlaganju „Kvantno-kemijsko dokiranje primjenom dubokog pojačanog učenja na HPC resursima“.

Na događanju su novi korisnici imali priliku saznati više o uvjetima pristupa i mogućnostima korištenja usluge Napredno računanje. Na raspolaganju su im superračunalo „Supek“, računalni klaster „Padobran“ te na njima uspostavljene brojne aplikacije. Resurse Srca za napredno računanje moguće je koristiti za potrebe provedbe istraživačkih projekata financiranih javnim sredstvima, institucijskih projekata pojedinih znanstvenika te za potrebe izrade završnih, diplomskih, specijalističkih ili doktorskih radova kao i za potrebe održavanje praktičkog dijela nastave kolegija na visokim učilištima, a za što je na raspolaganju resurs za napredno računanje u oblaku „Vrančić“.

Rad Srca temelji se na transparentnosti te smo i ovoga puta iskoristili priliku da javnosti prikažemo detaljne podatke o korištenju resursa Srca za napredno računanje u 2023. godini, a s fokusom na podatke koji se odnose na područje računalne kemije. Ovim izvještajem obuhvaćeni su podaci o korištenju novog najjačeg hrvatskog superračunala „Supek“, prvog petaskalarnog računala u Hrvatskoj, te računalnog klastera „Padobran“, koji je izgrađen na resursu za napredno računanje u oblaku „Vrančić“.

Pridružite nam se na događanjima Srca u području Vašeg interesa te saznajte više o mogućnostima koje su na raspolaganju cjelokupnoj akademskoj i znanstvenoj zajednici u okviru usluga Srca kako bismo što učinkovitije iskoristili potencijale e-infrastrukture te novih i naprednih tehnologija.